Le CRODT dispose de deux Programmes de recherche :
Programme 1: Gestion Durable des Ecosystèmes et des Ressources (GEDER) avec trois (3) thématiques
Thème 1: Préservation des écosystèmes marins et restauration des habitats critiques ;

* Etude biologique pour état de référence, dans le cadre d’un projet d’installation d’une sonde acoustique
* Intégration de la nouvelle génération de modèles globaux climatiques dans l’étude des écosystèmes marins ouest- africains : le cas du Sénégal et ses pêcheries dans un contexte de changement climatique.
* Résilience et productivité du secteur des pêches et de l’aquaculture
* Suivi Bio-écologique des Espèces Halieutiques Prioritaires
* Système d’Information de la Pêche Artisanale (SIPA)
* Evaluation des ressources halieutiques au Sénégal ;
* Etat de la situation océanographique et environnementale marine et côtière ;
Thème 2 : Accès aux ressources halieutiques et cogestion ;
Thème 3: Elaboration et mise en œuvre de plans d’aménagement.
Programme 2: Dynamique des Systèmes d’Exploitation (DSE)
Le programme comprend également trois (3) trois thèmes majeurs:
Thème 1: Tactiques et stratégies des acteurs
*Actualisation des indicateurs socioéconomiques des unités et des acteurs concernés par les pêcheries sous plan d’aménagement

Thème 2: Appui scientifique à la promotion de l’aquaculture
*Amélioration de l’exploitation et de la culture du Meristhoteca senegalensis, une bonne source d’iode et de carraghénane au Sénégal
*Accroissement de la production aquacole à travers la formulation d’aliments piscicoles de qualité
*Amélioration de la production en masse d’alevins de qualité (Tilapias et de Clarias)
*Écologie, reproduction et hybridation d’Heterobranchus longifilis : étude in situ (fleuve Sénégal/lac de Guiers) et expérimentations en milieu contrôlé


